Bei der autonomen Testung wird das sog. autonome (oder vegetative) Nervensystem untersucht, das alle unwillkürlichen Körpervorgänge, z.B. Darmtätigkeit, Blutdruck, Hautdurchblutung u.a. steuert.

Sympathische Hautantwort -  ein Stromreiz auf der Hautoberfläche führt mit einer gewissen zeitlichen Latenz zu einer messbaren Änderung des Hautwiderstandes kann mit  Oberflächenelektroden am Arm oder am Bein abgeleitet werden.

Herzfrequenzvariation - hierbei werden natürliche Schwankungen der Herzfrequenz (Puls) bei tiefer Ein- und Ausatmung gemessen.

Diese Untersuchungen werden eher seltener eingesetzt, vor allem bei vermuteten Störungen des autonomen Nervensystems, z.B. bei Polyneuropathien.